Historia lotniska zaczyna się w 1939r. kiedy Niemcy podchwycili zamysł budowy lotniska za Przasnyszem w okolicy Sierakowa i Karwacza. Od 9 do 16 września 1939 roku na przasnyskim lotnisku stacjonowały myśliwce Messerschmitt Bf-109E z II Grupy Zerstörergeschwader 1 (ll/ZG 1). Niemcy przygotowywali się do wojny z ZSRR. Rozpoczęli w 1940 roku prace przy budowie lotniska polowego.
Tymczasowo zostało zorganizowane doraźne polowe zgrupowanie w okolicy Sierakowa. Następnie Niemcy doprowadzili linię kolejową z Przasnysza do lotniska, zbudowali rampę rozładunkową, postawili kilka baraków jako budynki koszarowe dla kadry i obsługi lotniska. Zbudowali trawiasty pas startowy i stanowiska postojowe dla samolotów. W czerwcu 1941r. podczas przygotowania ataku oraz w początkowym okresie wojny z ZSRR lotnisko Przasnysz (Praschnitz) było tzw. lotniskiem pod skokowym dla jednostek Luftwaffe. W czerwcu i lipcu 1941 r. na lotnisku stacjonowały pododdziały lotnicze jednostki Sturzkampfgeschwader 2 “Immelmann” (Stab/St.G. – samoloty: Ju-87 B Me-110; l./St.G. 2 – samoloty: Ju-87 B) oraz pododdziały Lehrgeschwader 2 (ll.(S)/L.G. 2 – samoloty: Me-109 E; 10.(S)/LG 2 – samoloty: Hs123A). Jednostki te brały czynny udział w operacji „Barbarossa” (Ataku na Związek Radziecki). Lotnisko było wykorzystane przez Luftwaffe do końca 1944r.
W okresie powojennym lotnisko było wykorzystywane przez jednostki lotnicze LWP.
W latach 1951 do 1963 roku celem zabezpieczenia stacjonujących na lotnisku jednostek lotniczych funkcjonował 35 Batalion Obsługi Lotnisk (JW2046). W latach 1951-53r. bazował 48 Pułk Lotnictwa Szturmowego (JW4854). Jednostka została zorganizowana na lotnisku w Przasnyszu, w okresie od 1 maja do 1 grudnia 1952, według etatu Nr 6/104 o stanie 307 żołnierzy i 2 pracowników kontraktowych. Pułk wchodził w skład 8 Dywizji Lotnictwa Szturmowego. (JW3188) z Modlina (samoloty lł-10). W latach 1953 do 1954r. stacjonował w Przasnyszu 35 Pułk Lotnictwa Bombowego (JW2942) wchodzący w skład 15. Dywizji Lotnictwa Bombowego w Powidzu (samoloty Pe-2FT).
W połowie sierpnia 1954 roku na lotnisko polowe w Przasnyszu została przebazowana 7 Eskadra Wyszkolenia Podstawowego Oficerskiej Szkoły Lotniczej im. F. Żwirki i S. Wigury (samoloty: Jak-11, Jak-18). Dowódcą eskadry został kpt. pil. Henryk Niemczyk. Eskadra rozpoczęła w Przasnyszu przeszkalanie na samoloty Jak-11. W lutym 1955 roku eskadra została przemianowana na: 6 Eskadrę Pilotażu Podstawowego Oficerskiej Szkoły Lotniczej im. F. Żwirki i S. Wigury w Radomiu. Eskadra bazowała na lotnisku Przasnysz do lutego 1956r.
Na początku lutego 1958 roku z Grójca przeniesiona została na lotnisko Przasnysz 8 Eskadra Pilotażu Podstawowego Oficerskiej Szkoły Lotniczej im. F. Żwirki i S. Wigury w Radomiu (samoloty: UT-2, Junak 2, Junak 3, Jak-11). Eskadra weszła w skład utworzonego później 64 Lotniczego Pułku Szkolnego. W roku 1958 na lotnisku stacjonował również 70 Batalion Lotniczo-Techniczny Oficerskiej Szkoły Lotniczej im. J. Krasickiego JW3521.
W latach 1956-1963r. doraźnie stacjonowała na lotnisku 27 Samodzielna Eskadra Lotnictwa Sanitarnego (śmigłowce SM-1) z zakwaterowaniem w koszarach garnizonu Przasnysz przy ulicy Makowskiej 1. Macierzystym lotniskiem od 1956r. po powstaniu 27 SELS było lotnisko w Warszawie-Okęcie.
W latach od 1958 roku do 1963 stacjonował na lotnisku 64 Lotniczy Pułk Szkolny (samoloty Jak-11, Junak 3, Jak-12M, TS-8 Bies, Li-2). W związku z rozformowaniem 64 Ipsz w grudniu 1963r. lotnisko i obiekty na lotnisku przejął 103 Pułk Lotniczy Nadwiślańskich Jednostek Wojskowych Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (JW1159) i było lotniskiem zapasowym. Macierzystym miejscem dyslokacji pułku było lotnisko Warszawa-Bemowo. Na lotnisku w Sierakowie były magazyny ze sprzętem i w związku z tym była pełniona służba wartownicza ze składu 103. Pułku Lotniczego do lat 90-tych.
Pierwsze pomysły na zagospodarowanie przasnyskiego lotniska opuszczonego przez 64 Lotniczy Pułk Szkolny, a następnie 103 Pułk Lotniczy MSWiA pojawiły się 20 kwietnia 2002 roku na oficjalnym zebraniu sympatyków lotnictwa (inicjatorów powstania aeroklubu). Uroczyste otwarcie Aeroklubu nastąpiło 3 maja 2003 roku, a poświęcenia lotniska dokonał Prymas Polski abp Józef Glemp. Z wizytą na lotnisko przybył również Premier Leszek Miller. W czerwcu 2003 rozpoczęto pierwsze szkolenia szybowcowe, do których przystąpiło 20 przyszłych adeptów latania. Sprzęt do latania pozyskano dzięki pomocy Aeroklubu Polskiego. Jako pierwszy sprowadzono dwumiejscowy szybowiec szkolny PZL KR-03 Puchatek. W czerwcu 2011 roku odbyła się wizyta Wicepremiera Waldemara Pawlaka oraz wizyta Biskupa Diecezji Płockiej Romana Marcinkowskiego, połączona z oficjalnym otwarciem Przasnyskiej Strefy Gospodarczej – wrzesień 2012 rok.
